Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 METTL26-203ENST00000397664 604 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 AC091138.1-202ENST00000578967 457 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 SERP1-208ENST00000491660 830 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
TRERF1Q96PN7 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 AC012313.6-201ENST00000599889 790 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 KCNQ5-205ENST00000370398 6345 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 ST3GAL5-222ENST00000638572 4431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC24.62■■□□□ 1.53
TRERF1Q96PN7 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms