Protein–RNA interactions for Protein: Q96CM3

RPUSD4, Mitochondrial RNA pseudouridine synthase RPUSD4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 377 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPUSD4Q96CM3 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 AC103724.3-201ENST00000564481 992 ntBASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 NFATC2IP-201ENST00000320805 4569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SLMAP-201ENST00000295951 5433 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 EP300-201ENST00000263253 9587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC16.86■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 MDFI-203ENST00000373051 1622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 MARK2-202ENST00000361128 3004 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 FLYWCH1-201ENST00000253928 5037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 BMP1-202ENST00000306385 4229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 TSHZ3-201ENST00000240587 5176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 PHF12-202ENST00000332830 4759 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 GTPBP3-222ENST00000600625 2493 ntTSL 1 (best) BASIC16.85■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 NFATC1-217ENST00000591814 4819 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 IRX4-208ENST00000622814 2398 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 MZT2B-201ENST00000281871 933 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 MZT2A-201ENST00000309451 624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 QKI-205ENST00000392127 7911 ntTSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 NEU4-205ENST00000407683 2273 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.84■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 KLF16-201ENST00000250916 2890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 EDEM1-201ENST00000256497 6146 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 SMARCC1-201ENST00000254480 6375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 FBXL17-205ENST00000542267 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.29
RPUSD4Q96CM3 CYP27A1-201ENST00000258415 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 TMEM62-201ENST00000260403 2771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 PITPNC1-201ENST00000299954 6359 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 LSM11-201ENST00000286307 6584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC16.83■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 LINC01547-202ENST00000397841 2303 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC16.82■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 MBD3-201ENST00000156825 5518 ntTSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AGO4-201ENST00000373210 7116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC16.82■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 PLEKHG5-206ENST00000377748 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 HS3ST4-201ENST00000331351 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 TMPO-204ENST00000393053 2374 ntTSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.81■□□□□ 0.28
RPUSD4Q96CM3 PAN3-201ENST00000380958 2833 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.81■□□□□ 0.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.2 ms