Protein–RNA interactions for Protein: Q14050

COL9A3, Collagen alpha-3(IX) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 684 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A3Q14050 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC25.38■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC25.37■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 DRD2-202ENST00000362072 2789 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.36■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 RFXAP-201ENST00000255476 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 AP000662.2-202ENST00000530595 2790 ntTSL 2 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 ALKAL2-204ENST00000403610 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 GAL3ST3-201ENST00000312006 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
COL9A3Q14050 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC25.32■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 DOCK5-208ENST00000481100 2166 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 PXYLP1-203ENST00000502783 2066 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 FAM20C-201ENST00000313766 2751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 TFAP2A-202ENST00000379608 2576 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 DCTD-202ENST00000438320 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
COL9A3Q14050 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
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