Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 RARRES2P4-201ENST00000514074 484 ntBASIC22■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC22■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 NAA60-204ENST00000421765 1045 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 MKRN4P-201ENST00000444706 1521 ntBASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 PET100-202ENST00000594797 719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.11
COL4A3Q01955 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 PTGER2-202ENST00000557436 643 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 GPS2-201ENST00000380728 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 TMEM256-PLSCR3-204ENST00000573331 2557 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 NAA10-208ENST00000464845 1772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 TMEM9-209ENST00000485839 938 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 SSNA1-201ENST00000322310 896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 KHSRP-201ENST00000398148 2993 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
COL4A3Q01955 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms