Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY93

DDX56, Probable ATP-dependent RNA helicase DDX56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
DDX56Q9NY93 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 LYPD2-201ENST00000359228 594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 VGF-202ENST00000445482 2477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 B4GAT1-201ENST00000311181 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
DDX56Q9NY93 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 CCER2-201ENST00000571838 1057 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 GNG4-203ENST00000391854 5104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 DTWD2-203ENST00000510708 2307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 C19orf12-201ENST00000323670 2464 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.31■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 ATP6AP1-201ENST00000369762 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 KLHL17-205ENST00000622660 1950 ntTSL 5 BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC22.3■■□□□ 1.16
DDX56Q9NY93 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.7 ms