Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

Predictions only

Length 1,073 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 PTRH1-201ENST00000335223 759 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 AC026185.1-201ENST00000445748 174 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 OLIG1-201ENST00000382348 2277 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 RUNX2-210ENST00000576263 2256 ntTSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.8■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 SLC22A15-201ENST00000369502 1230 ntTSL 2 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC20.79■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ALKBH7-201ENST00000245812 1332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ARL2-SNX15-201ENST00000301886 2392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC20.78■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC20.77■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 TOP2B-204ENST00000435706 5389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.77■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC20.77■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 DCXR-201ENST00000306869 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 PPP1R14BP3-201ENST00000509033 445 ntBASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 DVL3-201ENST00000313143 5254 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.76■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 DONSON-202ENST00000303113 2028 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 XBP1-202ENST00000344347 1131 ntTSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 DM1-AS-203ENST00000590076 730 ntTSL 4 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 LYPLA1-201ENST00000316963 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC20.75■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
USP53Q70EK8 WDR86-208ENST00000628331 1905 ntTSL 5 BASIC20.74■□□□□ 0.91
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.7 ms