Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AL162430.1-201ENST00000480705 870 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC22.62■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 CD6-203ENST00000352009 1809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 PCMT1-201ENST00000367378 1293 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 REPIN1-214ENST00000489432 2058 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 GADD45A-201ENST00000370985 803 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
USP3Q9Y6I4 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
USP3Q9Y6I4 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.3 ms