Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 SGMS1-210ENST00000619438 1680 ntTSL 5 BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.65■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 VIL1-204ENST00000440053 1454 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 ABCC6P2-202ENST00000542005 706 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 ABCC6-204ENST00000575728 714 ntTSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC27.64■■■□□ 2.02
CCDC87Q9NVE4 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.64■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.63■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 FAM201B-201ENST00000458407 597 ntBASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.62■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 SCO2-203ENST00000535425 1002 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 CHEK2P2-202ENST00000555186 864 ntTSL 2 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC27.61■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.6■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 MEIS3-201ENST00000331559 2104 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 AC093827.2-201ENST00000512654 315 ntBASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.59■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 AC010141.2-201ENST00000452426 721 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
CCDC87Q9NVE4 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.57■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 CD99-212ENST00000624481 1089 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 AF201337.1-201ENST00000520239 748 ntBASIC27.55■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 APTR-203ENST00000430801 583 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC27.54■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
CCDC87Q9NVE4 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC27.53■■■□□ 2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.4 ms