Protein–RNA interactions for Protein: Q96PN7

TRERF1, Transcriptional-regulating factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRERF1Q96PN7 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 HAUS3-202ENST00000443786 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
TRERF1Q96PN7 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC25■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC25■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC25■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC25■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 PICK1-202ENST00000404072 2164 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 PLEKHA8-203ENST00000396259 2840 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
TRERF1Q96PN7 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.94■■□□□ 1.58
TRERF1Q96PN7 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.8 ms