Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.85■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 AC092368.3-201ENST00000562549 1107 ntTSL 5 BASIC32.85■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC32.85■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC32.85■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.85■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.85■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC32.85■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC32.84■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC32.84■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC32.84■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.83■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC32.83■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC32.83■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 PDXDC2P-202ENST00000527016 543 ntTSL 3 BASIC32.83■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC32.83■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.83■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.85
TCOF1Q13428 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC32.82■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.82■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 WRAP73-201ENST00000270708 1665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC32.81■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC32.81■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 POU5F1-209ENST00000638788 369 ntTSL 5 BASIC32.81■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC32.81■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC32.81■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC32.8■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC32.8■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 SRPK3-202ENST00000370101 1958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC32.8■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC32.8■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC32.8■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC32.8■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC32.8■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC32.8■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.79■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 GALNT12-201ENST00000375011 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 SNRK-203ENST00000437827 1995 ntTSL 2 BASIC32.79■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC32.79■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.79■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC32.79■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC32.78■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC32.78■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC32.78■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC32.78■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC32.78■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC32.77■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC32.77■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 AC016888.1-201ENST00000585285 565 ntTSL 3 BASIC32.77■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC32.77■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC32.77■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC32.77■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC32.77■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32.77■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC32.77■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC32.76■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC32.76■■■□□ 2.84
TCOF1Q13428 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.76■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 SNRNP25-202ENST00000383018 1085 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC32.75■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC32.75■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 IL15RA-215ENST00000528354 1037 ntTSL 2 BASIC32.75■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 IL15RA-220ENST00000620345 1115 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC32.75■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC32.75■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.75■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC32.74■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 AC106738.1-201ENST00000560487 359 ntTSL 3 BASIC32.74■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
TCOF1Q13428 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32.74■■■□□ 2.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms