Protein–RNA interactions for Protein: P42859

Htt, Huntingtin, mousemouse

Predictions only

Length 3,119 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HttP42859 Gas1-202ENSMUST00000223933 1155 ntAPPRIS P2 BASIC28.69■■■□□ 2.18
HttP42859 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC28.69■■■□□ 2.18
HttP42859 Dapk3-209ENSMUST00000219850 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
HttP42859 Rab43-202ENSMUST00000032135 1262 ntTSL 1 (best) BASIC28.69■■■□□ 2.18
HttP42859 Gm42809-201ENSMUST00000198429 1138 ntBASIC28.68■■■□□ 2.18
HttP42859 Shf-201ENSMUST00000048635 1431 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
HttP42859 Twist1-201ENSMUST00000049089 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.67■■■□□ 2.18
HttP42859 E330040D14Rik-201ENSMUST00000192299 1374 ntBASIC28.65■■■□□ 2.18
HttP42859 Asf1a-205ENSMUST00000219282 1150 ntTSL 5 BASIC28.65■■■□□ 2.18
HttP42859 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
HttP42859 Hrh3-208ENSMUST00000171736 906 ntTSL 5 BASIC28.63■■■□□ 2.17
HttP42859 Mir6538-201ENSMUST00000183713 110 ntBASIC28.6■■■□□ 2.17
HttP42859 Hnrnpd-202ENSMUST00000072750 1537 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.59■■■□□ 2.17
HttP42859 Tnfsf12-202ENSMUST00000181810 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.58■■■□□ 2.17
HttP42859 Tmbim4-204ENSMUST00000134797 486 ntTSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
HttP42859 2310050C09Rik-201ENSMUST00000163439 1078 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
HttP42859 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
HttP42859 1700003F12Rik-202ENSMUST00000109709 704 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.53■■■□□ 2.16
HttP42859 1700003F12Rik-201ENSMUST00000045116 704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
HttP42859 Cdv3-205ENSMUST00000189896 1023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
HttP42859 Rnd2-201ENSMUST00000001347 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
HttP42859 Gm31266-201ENSMUST00000192060 656 ntTSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
HttP42859 Stard10-203ENSMUST00000164479 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.51■■■□□ 2.15
HttP42859 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
HttP42859 Gskip-202ENSMUST00000222284 1064 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
HttP42859 Mtm1-204ENSMUST00000101501 770 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
HttP42859 Gm11175-201ENSMUST00000116172 543 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
HttP42859 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
HttP42859 Gm20402-201ENSMUST00000174738 687 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
HttP42859 Gm43863-201ENSMUST00000203822 1192 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
HttP42859 Gm7432-201ENSMUST00000210343 879 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
HttP42859 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
HttP42859 6530409C15Rik-202ENSMUST00000143551 1573 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HttP42859 Ranbp1-202ENSMUST00000115645 1085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HttP42859 Pcbd2-201ENSMUST00000021958 544 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HttP42859 Phlda3-201ENSMUST00000038945 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
HttP42859 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
HttP42859 Gfra4-203ENSMUST00000110234 600 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
HttP42859 Gfra4-204ENSMUST00000110235 573 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
HttP42859 Ubl4a-207ENSMUST00000178691 1038 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
HttP42859 Kmt5a-202ENSMUST00000100709 1425 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
HttP42859 AC157572.2-201ENSMUST00000226970 908 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
HttP42859 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HttP42859 Fbll1-201ENSMUST00000160726 1503 ntAPPRIS P1 BASIC28.36■■■□□ 2.13
HttP42859 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
HttP42859 Cap2-205ENSMUST00000225824 1634 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
HttP42859 Igfbp7-201ENSMUST00000046746 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HttP42859 Srp9-201ENSMUST00000027792 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
HttP42859 1110008P14Rik-201ENSMUST00000048792 680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HttP42859 Cadm1-210ENSMUST00000214542 899 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
HttP42859 Dleu2-206ENSMUST00000182537 318 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
HttP42859 Bok-205ENSMUST00000201863 883 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HttP42859 Fcho2-203ENSMUST00000109403 1523 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
HttP42859 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
HttP42859 Sntb1-202ENSMUST00000110200 1225 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HttP42859 Flt3l-211ENSMUST00000211429 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HttP42859 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
HttP42859 1110065P20Rik-201ENSMUST00000106190 968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
HttP42859 Gnai2-201ENSMUST00000055704 2215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
HttP42859 Il3ra-201ENSMUST00000090591 1614 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
HttP42859 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
HttP42859 Gm11599-201ENSMUST00000118720 878 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
HttP42859 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HttP42859 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HttP42859 Rpl31-203ENSMUST00000179954 630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HttP42859 Dbp-204ENSMUST00000211513 1156 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
HttP42859 Rab4b-201ENSMUST00000093040 1192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
HttP42859 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
HttP42859 Bok-201ENSMUST00000027499 1468 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
HttP42859 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.2■■■□□ 2.1
HttP42859 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
HttP42859 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
HttP42859 Dazap1-202ENSMUST00000105361 1537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HttP42859 Hmgn3-202ENSMUST00000162246 983 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
HttP42859 Cacfd1-203ENSMUST00000114005 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HttP42859 Gm15672-201ENSMUST00000151512 1354 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
HttP42859 Ssbp3-203ENSMUST00000097934 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
HttP42859 E130304I02Rik-202ENSMUST00000187873 696 ntTSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
HttP42859 Gkap1-201ENSMUST00000091579 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
HttP42859 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HttP42859 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC28.12■■■□□ 2.09
HttP42859 Smarcad1-211ENSMUST00000204696 734 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
HttP42859 Eid2-201ENSMUST00000059596 1392 ntAPPRIS P1 BASIC28.11■■■□□ 2.09
HttP42859 Phlda1-201ENSMUST00000164773 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.09■■■□□ 2.09
HttP42859 Bcl7b-202ENSMUST00000111187 564 ntTSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
HttP42859 Nkain2-201ENSMUST00000092602 558 ntBASIC28.06■■■□□ 2.08
HttP42859 AC163623.1-201ENSMUST00000213738 727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
HttP42859 Spata1-201ENSMUST00000029839 1920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
HttP42859 Ube2m-201ENSMUST00000005714 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
HttP42859 Rpsa-204ENSMUST00000217317 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
HttP42859 Rexo2-210ENSMUST00000217037 609 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
HttP42859 4930577N17Rik-201ENSMUST00000139771 1625 ntBASIC28.03■■■□□ 2.08
HttP42859 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HttP42859 6330420H09Rik-201ENSMUST00000211371 1316 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
HttP42859 Ppa2-201ENSMUST00000029644 1226 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HttP42859 Crem-227ENSMUST00000149803 1422 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
HttP42859 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HttP42859 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.99■■■□□ 2.07
HttP42859 Gm13889-202ENSMUST00000148314 1240 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
HttP42859 Krtap28-13-201ENSMUST00000188005 992 ntAPPRIS P1 BASIC27.98■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.5 ms