Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC22.77■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 AFDN-AS1-201ENST00000359760 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
USP3Q9Y6I4 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 VGLL4-208ENST00000424529 1025 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 SLC30A2-201ENST00000374276 2494 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 MSL1-203ENST00000577454 2081 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 ATP6V0B-204ENST00000471859 865 ntTSL 5 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 CRHR1-202ENST00000314537 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.73■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 PNMA6A-201ENST00000421798 2209 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.72■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
USP3Q9Y6I4 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.2 ms