Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.58
CHD3Q12873 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC18.64■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.64■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC18.63■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.63■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.63■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 KCNIP1-201ENST00000328939 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 ATP6V0E2-204ENST00000464662 513 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC18.61■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 HTATSF1-201ENST00000218364 2775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 NHLH1-201ENST00000302101 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 EMC9-206ENST00000560403 872 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 DENND2D-202ENST00000369752 1894 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CHD3Q12873 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CHD3Q12873 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
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