Protein–RNA interactions for Protein: P35499

SCN4A, Sodium channel protein type 4 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 1,836 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN4AP35499 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 NUDT22-201ENST00000279206 1094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 AL391244.2-201ENST00000428932 543 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 SH3GLB2-202ENST00000372559 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 AQP12B-201ENST00000407834 1094 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 LTB-210ENST00000429299 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 UNC93B4-201ENST00000505679 747 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 FMR1-AS1_2.1-201ENST00000613724 127 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 MAP2K2-201ENST00000262948 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 AC096537.1-201ENST00000437416 684 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 RILP-201ENST00000301336 1771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 CALML5-201ENST00000380332 859 ntAPPRIS P1 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 TMEM9B-203ENST00000528117 949 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 MMD2-204ENST00000612910 778 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
SCN4AP35499 SUGCT-201ENST00000335693 1645 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 TTC9B-201ENST00000311308 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 LINC01578-208ENST00000557147 490 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 EIF3J-AS1-205ENST00000560750 1093 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 CD151-213ENST00000528011 1369 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 ESRRAP1-201ENST00000400596 1257 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 SCARA5-203ENST00000518030 1074 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 HSD17B10-202ENST00000375298 823 ntTSL 3 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC26.06■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 AC003102.1-201ENST00000588279 569 ntTSL 4 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC26.05■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.04■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.03■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
SCN4AP35499 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC26.02■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms