Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC27.19■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 ATP5A1-220ENST00000593152 2258 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 OSCAR-201ENST00000284648 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 YJEFN3-203ENST00000514277 995 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 EZH2-208ENST00000483967 2466 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 HORMAD2-201ENST00000336726 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC27.14■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 LGI4-206ENST00000591633 1113 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
CHMP3Q9Y3E7 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 ADAP2-204ENST00000580525 1598 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 TANGO2-201ENST00000327374 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 H2AFB3-201ENST00000615853 591 ntAPPRIS P1 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 CLDN5-203ENST00000413119 1760 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 FMR1-AS1-201ENST00000594922 2005 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC27.11■■□□□ 1.93
CHMP3Q9Y3E7 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 109.2 ms