Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 RASGRP2-207ENST00000377497 2221 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 CIZ1-203ENST00000357558 2907 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 FUS-210ENST00000568685 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
ERCC4Q92889 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 ITGB1BP1-203ENST00000359712 2126 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 CFAP97-205ENST00000514798 2895 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 HOMEZ-201ENST00000357460 4971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 VGF-203ENST00000611537 1622 ntTSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 FAM171A2-201ENST00000293443 3160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 PPP3CC-201ENST00000240139 2189 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 KIF12-207ENST00000640217 2194 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 D2HGDH-201ENST00000321264 2617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 DNAJA4-202ENST00000394852 3116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 OAF-201ENST00000328965 2525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 APPL2-201ENST00000258530 3239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 TRIP13-201ENST00000166345 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 PTDSS2-201ENST00000308020 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 MXRA8-201ENST00000309212 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 ECE2-203ENST00000359140 3147 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 EFHD1-201ENST00000264059 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
ERCC4Q92889 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms