Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 RHOD-201ENST00000308831 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 GPX1P1-201ENST00000388829 606 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC27.93■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 CFD-201ENST00000327726 1201 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 UBE2C-203ENST00000352551 665 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC27.92■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 TRNT1-207ENST00000420393 854 ntTSL 3 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 MDK-213ENST00000617138 635 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 RAB40B-201ENST00000269347 2189 ntTSL 2 BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.91■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.9■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC27.89■■■□□ 2.06
CCDC87Q9NVE4 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC27.89■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 PLEKHA8-202ENST00000396257 1907 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC27.88■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 SLC22A31-206ENST00000614943 1860 ntTSL 5 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.87■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 JAG2-201ENST00000331782 5835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 JDP2-202ENST00000419727 972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC27.86■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 ARF3-202ENST00000447318 1089 ntTSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 AL161421.1-201ENST00000619666 1101 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 ZFYVE28-202ENST00000503000 1874 ntTSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 NUDT18-202ENST00000613958 1754 ntTSL 2 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
CCDC87Q9NVE4 HAGH-203ENST00000455446 1276 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms