Protein–RNA interactions for Protein: Q9BRZ2

TRIM56, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM56, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 755 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM56Q9BRZ2 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 FBXW7-202ENST00000281708 4976 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 TTC7A-201ENST00000319190 5157 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 FLVCR1-201ENST00000366971 5939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 ZNF316-201ENST00000382252 5392 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC22.15■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.14
TRIM56Q9BRZ2 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 FGFR1-214ENST00000447712 5900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 KCNMA1-209ENST00000372443 5059 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 AVPR2-201ENST00000337474 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
TRIM56Q9BRZ2 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.9 ms