Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC25■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 BARX2-201ENST00000281437 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 ECHDC1-203ENST00000368291 1354 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 AC010336.5-201ENST00000594308 317 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 AL137060.1-201ENST00000618151 2648 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 ACYP2-202ENST00000394666 993 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 AC099791.2-201ENST00000605725 427 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 C11orf63-201ENST00000227349 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 GAS2L1-207ENST00000611648 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
USP28Q96RU2 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 AL359710.1-201ENST00000427039 1544 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 PEX10-202ENST00000447513 1997 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 SSUH2-217ENST00000544814 1636 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 CSNK1G2-201ENST00000255641 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
USP28Q96RU2 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 62.3 ms