Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 PDIA6-207ENST00000540494 2509 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.99■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 PHACTR2-208ENST00000440869 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 RHOBTB3-201ENST00000379982 5537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC18.98■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.97■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 ITPKC-201ENST00000263370 3385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 SLC35A3-205ENST00000465289 5696 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.96■□□□□ 0.63
CCDC54Q8NEL0 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 YAP1-201ENST00000282441 5386 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 G6PD-202ENST00000393562 2631 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 G6PD-211ENST00000621232 2631 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 GNB1-209ENST00000610897 3145 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 CHODL-201ENST00000299295 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 ZNF280B-203ENST00000626650 5721 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.95■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 MGAT5B-209ENST00000569840 4492 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 ADGRB1-201ENST00000323289 5527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 SIMC1-204ENST00000430704 1925 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 PTPRJ-207ENST00000613246 7851 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC18.94■□□□□ 0.62
CCDC54Q8NEL0 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC18.93■□□□□ 0.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25 ms