Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 PARP1-210ENST00000629232 477 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 SLC35A3-218ENST00000639994 1114 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 FAM167A-204ENST00000528897 1620 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
COL4A4P53420 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 ZNF717-203ENST00000477374 1169 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 AL121832.2-201ENST00000610979 668 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 RPL29-204ENST00000479017 670 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 DET1-205ENST00000558413 583 ntTSL 4 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 AC044860.1-203ENST00000560811 844 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 UBE2DNL-204ENST00000602536 740 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 EML2-209ENST00000587152 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
COL4A4P53420 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 94.7 ms