Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
CUX1P39880 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.17■■■■□ 3.54
CUX1P39880 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC37.17■■■■□ 3.54
CUX1P39880 C7orf25-203ENST00000431882 1645 ntTSL 2 BASIC37.17■■■■□ 3.54
CUX1P39880 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC37.17■■■■□ 3.54
CUX1P39880 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC37.17■■■■□ 3.54
CUX1P39880 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC37.17■■■■□ 3.54
CUX1P39880 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC37.17■■■■□ 3.54
CUX1P39880 HAGH-201ENST00000397353 1257 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC37.16■■■■□ 3.54
CUX1P39880 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
CUX1P39880 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.16■■■■□ 3.54
CUX1P39880 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC37.16■■■■□ 3.54
CUX1P39880 AC066615.1-201ENST00000640911 628 ntBASIC37.16■■■■□ 3.54
CUX1P39880 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.16■■■■□ 3.54
CUX1P39880 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.16■■■■□ 3.54
CUX1P39880 CITED1-201ENST00000246139 1231 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 KRT18P6-201ENST00000555540 1265 ntBASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 PDLIM3-203ENST00000284771 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 BASP1-203ENST00000616743 1711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 ZSWIM7-205ENST00000472495 703 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC37.15■■■■□ 3.54
CUX1P39880 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
CUX1P39880 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC37.14■■■■□ 3.54
CUX1P39880 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.14■■■■□ 3.54
CUX1P39880 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC37.14■■■■□ 3.54
CUX1P39880 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC37.14■■■■□ 3.54
CUX1P39880 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC37.14■■■■□ 3.54
CUX1P39880 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.13■■■■□ 3.53
CUX1P39880 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.13■■■■□ 3.53
CUX1P39880 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.12■■■■□ 3.53
CUX1P39880 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC37.12■■■■□ 3.53
CUX1P39880 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC37.12■■■■□ 3.53
CUX1P39880 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC37.12■■■■□ 3.53
CUX1P39880 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
CUX1P39880 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
CUX1P39880 KANSL1-AS1-201ENST00000398275 517 ntTSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
CUX1P39880 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC37.11■■■■□ 3.53
CUX1P39880 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
CUX1P39880 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.11■■■■□ 3.53
CUX1P39880 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
CUX1P39880 UQCRFS1P1-201ENST00000435169 820 ntBASIC37.1■■■■□ 3.53
CUX1P39880 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC37.1■■■■□ 3.53
CUX1P39880 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC37.1■■■■□ 3.53
CUX1P39880 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
CUX1P39880 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
CUX1P39880 PGPEP1L-201ENST00000378919 995 ntTSL 1 (best) BASIC37.1■■■■□ 3.53
CUX1P39880 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.1■■■■□ 3.53
CUX1P39880 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC37.1■■■■□ 3.53
CUX1P39880 PACRGL-206ENST00000502374 1034 ntTSL 2 BASIC37.1■■■■□ 3.53
CUX1P39880 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC37.1■■■■□ 3.53
CUX1P39880 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC37.1■■■■□ 3.53
CUX1P39880 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC37.09■■■■□ 3.53
CUX1P39880 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC37.09■■■■□ 3.53
CUX1P39880 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.09■■■■□ 3.53
CUX1P39880 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
CUX1P39880 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC37.08■■■■□ 3.53
CUX1P39880 LINC01117-201ENST00000443670 699 ntTSL 5 BASIC37.08■■■■□ 3.53
CUX1P39880 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC37.08■■■■□ 3.53
CUX1P39880 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC37.08■■■■□ 3.53
CUX1P39880 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
CUX1P39880 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.08■■■■□ 3.53
CUX1P39880 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.53
CUX1P39880 TARDBP-228ENST00000629725 1031 ntTSL 5 BASIC37.07■■■■□ 3.53
CUX1P39880 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC37.07■■■■□ 3.52
CUX1P39880 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.07■■■■□ 3.52
CUX1P39880 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC37.07■■■■□ 3.52
CUX1P39880 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC37.06■■■■□ 3.52
CUX1P39880 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC37.06■■■■□ 3.52
CUX1P39880 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC37.06■■■■□ 3.52
CUX1P39880 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.06■■■■□ 3.52
CUX1P39880 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC37.06■■■■□ 3.52
CUX1P39880 FAM160B1-201ENST00000369246 666 ntTSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CUX1P39880 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
CUX1P39880 ARL5A-202ENST00000428992 747 ntTSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CUX1P39880 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CUX1P39880 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC37.05■■■■□ 3.52
CUX1P39880 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CUX1P39880 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
CUX1P39880 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
CUX1P39880 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC37.05■■■■□ 3.52
CUX1P39880 CHPF-202ENST00000373891 1079 ntTSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CUX1P39880 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.05■■■■□ 3.52
CUX1P39880 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC37.04■■■■□ 3.52
CUX1P39880 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.04■■■■□ 3.52
CUX1P39880 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.04■■■■□ 3.52
CUX1P39880 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.04■■■■□ 3.52
CUX1P39880 TSPAN4-206ENST00000397408 1430 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.04■■■■□ 3.52
CUX1P39880 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC37.04■■■■□ 3.52
CUX1P39880 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
CUX1P39880 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.03■■■■□ 3.52
CUX1P39880 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC37.03■■■■□ 3.52
CUX1P39880 AL845552.2-201ENST00000553301 553 ntTSL 4 BASIC37.03■■■■□ 3.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms