Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC25.84■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC25.83■■□□□ 1.73
LIMCH1Q9UPQ0 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC25.83■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.82■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.81■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 KPTN-201ENST00000338134 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.8■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 MIR222HG-202ENST00000602507 1758 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 SLC41A3-202ENST00000346785 1705 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.79■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC25.78■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 ZEB1-AS1-205ENST00000605946 382 ntTSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC25.75■■□□□ 1.71
LIMCH1Q9UPQ0 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.6 ms