Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 SDHAP1-204ENST00000427415 559 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 BAALC-205ENST00000438105 2662 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 AQP6-201ENST00000315520 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 METTL21A-210ENST00000458426 1366 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC23.98■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 C16orf72-201ENST00000327827 5953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 C18orf8-214ENST00000615148 1958 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 LOXL1-AS1-210ENST00000567257 2358 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
LIMA1Q9UHB6 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 BSN-AS2-201ENST00000421598 2603 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 DNAJB11-202ENST00000439351 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 UPF3A-202ENST00000375299 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 TRIM28-201ENST00000253024 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
LIMA1Q9UHB6 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 110.5 ms