Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CCDC43Q96MW1 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC43Q96MW1 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.55
CCDC43Q96MW1 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 CECR2-202ENST00000342247 6178 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 HOXD1-201ENST00000331462 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 SYT7-201ENST00000263846 4854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 CDC16-206ENST00000375310 2156 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.7■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 RALB-203ENST00000420510 1252 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 AP006621.1-201ENST00000532946 536 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 C12orf75-208ENST00000612117 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 GRM6-201ENST00000231188 6143 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 LTBP3-201ENST00000301873 4443 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
CCDC43Q96MW1 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 SCRT2-201ENST00000246104 3577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
CCDC43Q96MW1 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms