Protein–RNA interactions for Protein: Q4G0X9

CCDC40, Coiled-coil domain-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 1,142 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC40Q4G0X9 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 TMEM218-209ENST00000529583 848 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 AC080038.3-201ENST00000623346 1952 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 DMRT1-201ENST00000382276 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC40Q4G0X9 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 CLPSL2-202ENST00000403376 405 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 PPP1R13B-201ENST00000202556 4958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC40Q4G0X9 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.6 ms