Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP4Q13107 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP4Q13107 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP4Q13107 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC23.01■■□□□ 1.27
USP4Q13107 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP4Q13107 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
USP4Q13107 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP4Q13107 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP4Q13107 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
USP4Q13107 PRMT2-204ENST00000397628 954 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
USP4Q13107 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
USP4Q13107 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
USP4Q13107 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
USP4Q13107 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 BCAP29-209ENST00000465919 942 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
USP4Q13107 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
USP4Q13107 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP4Q13107 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP4Q13107 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP4Q13107 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP4Q13107 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
USP4Q13107 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
USP4Q13107 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.27
USP4Q13107 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 H1FX-AS1-204ENST00000511998 917 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 AC079630.1-202ENST00000618127 1840 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
USP4Q13107 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP4Q13107 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP4Q13107 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP4Q13107 PDE10A-205ENST00000616273 2118 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP4Q13107 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP4Q13107 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP4Q13107 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP4Q13107 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP4Q13107 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP4Q13107 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP4Q13107 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
USP4Q13107 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
USP4Q13107 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
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