Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 SLC29A4P1-201ENST00000398760 971 ntBASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 CT47A12-201ENST00000419982 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 JADE2-211ENST00000612830 1251 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 PFKL-212ENST00000628044 129 ntTSL 3 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 SNTB1-202ENST00000517992 2273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 CAPN10-202ENST00000270364 1267 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 TFG-210ENST00000620299 1289 ntTSL 5 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 HAR1A-201ENST00000433161 1882 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 RNASEH2B-201ENST00000336617 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 NCAPD3-204ENST00000526422 1060 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC9Q9Y3X0 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 MAL-201ENST00000309988 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 GUK1-209ENST00000366730 937 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 NUDT8-202ENST00000376693 728 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 AC231657.2-201ENST00000624556 255 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 AC018730.2-201ENST00000598623 443 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 ARFRP1-202ENST00000607873 1061 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC9Q9Y3X0 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.9 ms