Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 ARG2-201ENST00000261783 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 HEXDC-202ENST00000337014 2285 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 RAMP2-201ENST00000253796 780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 KLC3-202ENST00000470402 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 TPSG1-201ENST00000234798 1108 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC22.41■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 SOHLH1-201ENST00000298466 1987 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC22.39■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP39Q53GS9 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 ROR1-202ENST00000371080 2305 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 RHBDL3-204ENST00000538145 1338 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 MYD88-205ENST00000424893 1279 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 CDYL-203ENST00000397588 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 SIGLEC15-201ENST00000389474 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 GALNS-211ENST00000568311 703 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 AC005410.1-201ENST00000579522 462 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 ACAD8-202ENST00000374752 1797 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP39Q53GS9 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.5 ms