Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
CUX1P39880 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.61■■■■□ 3.61
CUX1P39880 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC37.61■■■■□ 3.61
CUX1P39880 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC37.61■■■■□ 3.61
CUX1P39880 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.6■■■■□ 3.61
CUX1P39880 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC37.6■■■■□ 3.61
CUX1P39880 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.6■■■■□ 3.61
CUX1P39880 NCF1B-203ENST00000435988 1254 ntBASIC37.6■■■■□ 3.61
CUX1P39880 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC37.6■■■■□ 3.61
CUX1P39880 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC37.6■■■■□ 3.61
CUX1P39880 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC37.6■■■■□ 3.61
CUX1P39880 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC37.6■■■■□ 3.61
CUX1P39880 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC37.6■■■■□ 3.61
CUX1P39880 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC37.59■■■■□ 3.61
CUX1P39880 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
CUX1P39880 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
CUX1P39880 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC37.59■■■■□ 3.61
CUX1P39880 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC37.59■■■■□ 3.61
CUX1P39880 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.59■■■■□ 3.61
CUX1P39880 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC37.58■■■■□ 3.61
CUX1P39880 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC37.58■■■■□ 3.61
CUX1P39880 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC37.57■■■■□ 3.61
CUX1P39880 ATPIF1-204ENST00000497986 599 ntTSL 2 BASIC37.57■■■■□ 3.61
CUX1P39880 C12orf75-205ENST00000549893 719 ntTSL 3 BASIC37.57■■■■□ 3.61
CUX1P39880 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.61
CUX1P39880 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC37.57■■■■□ 3.61
CUX1P39880 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC37.57■■■■□ 3.61
CUX1P39880 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.57■■■■□ 3.6
CUX1P39880 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.57■■■■□ 3.6
CUX1P39880 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC37.56■■■■□ 3.6
CUX1P39880 MDK-204ENST00000395569 686 ntTSL 1 (best) BASIC37.56■■■■□ 3.6
CUX1P39880 AC006970.2-201ENST00000450065 779 ntBASIC37.56■■■■□ 3.6
CUX1P39880 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC37.56■■■■□ 3.6
CUX1P39880 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.56■■■■□ 3.6
CUX1P39880 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.56■■■■□ 3.6
CUX1P39880 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC37.56■■■■□ 3.6
CUX1P39880 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC37.56■■■■□ 3.6
CUX1P39880 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC37.56■■■■□ 3.6
CUX1P39880 MIS18A-201ENST00000290130 1575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
CUX1P39880 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
CUX1P39880 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
CUX1P39880 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC37.55■■■■□ 3.6
CUX1P39880 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.55■■■■□ 3.6
CUX1P39880 RAB24-202ENST00000303270 1385 ntTSL 2 BASIC37.55■■■■□ 3.6
CUX1P39880 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.54■■■■□ 3.6
CUX1P39880 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
CUX1P39880 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
CUX1P39880 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC37.54■■■■□ 3.6
CUX1P39880 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC37.54■■■■□ 3.6
CUX1P39880 AL109923.1-201ENST00000618799 583 ntBASIC37.54■■■■□ 3.6
CUX1P39880 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC37.54■■■■□ 3.6
CUX1P39880 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.54■■■■□ 3.6
CUX1P39880 AC084116.4-201ENST00000524320 484 ntTSL 2 BASIC37.53■■■■□ 3.6
CUX1P39880 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC37.53■■■■□ 3.6
CUX1P39880 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.52■■■■□ 3.6
CUX1P39880 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.52■■■■□ 3.6
CUX1P39880 RPS15-210ENST00000592623 873 ntTSL 1 (best) BASIC37.52■■■■□ 3.6
CUX1P39880 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC37.52■■■■□ 3.6
CUX1P39880 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC37.52■■■■□ 3.6
CUX1P39880 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC37.52■■■■□ 3.6
CUX1P39880 FAM120B-204ENST00000625626 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.52■■■■□ 3.6
CUX1P39880 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC37.51■■■■□ 3.6
CUX1P39880 MAGI2-AS3-209ENST00000448195 774 ntTSL 3 BASIC37.51■■■■□ 3.6
CUX1P39880 MFSD11-216ENST00000590393 1141 ntBASIC37.51■■■■□ 3.6
CUX1P39880 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.6
CUX1P39880 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.6
CUX1P39880 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.6
CUX1P39880 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.59
CUX1P39880 CD8B-205ENST00000393761 932 ntTSL 1 (best) BASIC37.51■■■■□ 3.59
CUX1P39880 CD8B-206ENST00000431506 692 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.51■■■■□ 3.59
CUX1P39880 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC37.51■■■■□ 3.59
CUX1P39880 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC37.51■■■■□ 3.59
CUX1P39880 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC37.5■■■■□ 3.59
CUX1P39880 MMP21-201ENST00000368808 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.5■■■■□ 3.59
CUX1P39880 KRT19P1-201ENST00000405746 1186 ntBASIC37.5■■■■□ 3.59
CUX1P39880 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC37.5■■■■□ 3.59
CUX1P39880 CD24-202ENST00000610952 802 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC37.5■■■■□ 3.59
CUX1P39880 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.5■■■■□ 3.59
CUX1P39880 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.49■■■■□ 3.59
CUX1P39880 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC37.49■■■■□ 3.59
CUX1P39880 ZNF451-202ENST00000370702 458 ntTSL 2 BASIC37.49■■■■□ 3.59
CUX1P39880 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC37.49■■■■□ 3.59
CUX1P39880 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.49■■■■□ 3.59
CUX1P39880 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.48■■■■□ 3.59
CUX1P39880 PIGP-203ENST00000399098 972 ntTSL 1 (best) BASIC37.48■■■■□ 3.59
CUX1P39880 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC37.48■■■■□ 3.59
CUX1P39880 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC37.48■■■■□ 3.59
CUX1P39880 CD58-203ENST00000457047 1328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
CUX1P39880 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC37.47■■■■□ 3.59
CUX1P39880 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
CUX1P39880 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC37.47■■■■□ 3.59
CUX1P39880 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.47■■■■□ 3.59
CUX1P39880 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC37.47■■■■□ 3.59
CUX1P39880 GUSBP6-202ENST00000438529 1198 ntBASIC37.46■■■■□ 3.59
CUX1P39880 AL645608.9-201ENST00000442292 829 ntTSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
CUX1P39880 PLPPR3-204ENST00000520876 2328 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
CUX1P39880 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC37.46■■■■□ 3.59
CUX1P39880 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC37.46■■■■□ 3.59
CUX1P39880 HAS1-203ENST00000594621 760 ntTSL 1 (best) BASIC37.46■■■■□ 3.59
CUX1P39880 WT1-AS_3.1-201ENST00000613262 234 ntBASIC37.46■■■■□ 3.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms