Protein–RNA interactions for Protein: Q9UHB6

LIMA1, LIM domain and actin-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 759 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMA1Q9UHB6 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 DYRK1B-204ENST00000593685 2724 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC24.28■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
LIMA1Q9UHB6 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 TARBP2-201ENST00000266987 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 TGFBRAP1-202ENST00000393359 5979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 EEFSEC-201ENST00000254730 2232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 MATK-203ENST00000395045 2073 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
LIMA1Q9UHB6 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 AC233992.2-201ENST00000531225 1596 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 LRRC34-201ENST00000446859 1718 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
LIMA1Q9UHB6 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.6 ms