Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 SERPINB5-201ENST00000382771 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 ZMAT3-203ENST00000432729 2944 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC26.82■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 WNT10A-201ENST00000258411 2547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.81■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.81■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC26.81■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC26.8■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 FAM72B-203ENST00000452190 748 ntTSL 3 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 COMT-202ENST00000361682 2437 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 AP005233.1-201ENST00000562341 2424 ntTSL 2 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 AC092667.1-201ENST00000434301 2586 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 NRSN1-204ENST00000378491 2354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 GSX2-201ENST00000326902 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC26.76■■□□□ 1.88
BRPF3Q9ULD4 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 FFAR1-201ENST00000246553 2311 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 SSBP3-216ENST00000610401 3168 ntTSL 5 BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.76■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC26.75■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 PPP5C-201ENST00000012443 2109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 SAMD13-205ENST00000370673 1567 ntTSL 2 BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC26.75■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 CNPY3-202ENST00000394142 954 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 DISC1-212ENST00000535983 2505 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.73■■□□□ 1.87
BRPF3Q9ULD4 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.73■■□□□ 1.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.3 ms