Protein–RNA interactions for Protein: Q9H1J1

UPF3A, Regulator of nonsense transcripts 3A, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF3AQ9H1J1 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC24.96■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 STX4-202ENST00000394998 1498 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC24.95■■□□□ 1.59
UPF3AQ9H1J1 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 EIF3J-202ENST00000424492 1550 ntTSL 4 BASIC24.95■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 RAB24-201ENST00000303251 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 USF3-203ENST00000491165 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 AC145207.2-202ENST00000576554 565 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC24.93■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC24.92■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC24.92■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC24.92■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 TMEM182-210ENST00000639249 1025 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.9■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 LEF1-AS1-207ENST00000512637 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
UPF3AQ9H1J1 TMEM121-201ENST00000392519 1532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC24.88■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 ERI3-201ENST00000372257 1684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC24.87■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 AC099681.3-201ENST00000421500 939 ntTSL 4 BASIC24.87■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 RAB28-208ENST00000630951 1679 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 SLC25A5-AS1-202ENST00000445759 1616 ntTSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 FIZ1-205ENST00000592585 489 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
UPF3AQ9H1J1 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 39.2 ms