Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 HIST1H2BPS3-201ENST00000419683 341 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 RPS2P32-201ENST00000439199 892 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC011773.1-201ENST00000520129 468 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CCDC86-203ENST00000545580 697 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AP005482.1-201ENST00000563722 1273 ntBASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC005498.2-204ENST00000590613 413 ntTSL 3 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SCN1B-204ENST00000596348 1176 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC234782.2-201ENST00000614615 1240 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 LACTB2-201ENST00000276590 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 RABEPK-206ENST00000628863 1537 ntTSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TNRC6B-203ENST00000402203 3444 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL2-202ENST00000393640 8872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PERP-201ENST00000421351 4290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TEX35-203ENST00000367641 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 KIAA1958-202ENST00000374244 2643 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 DRD3-202ENST00000383673 1640 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CBR4-202ENST00000504480 1602 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 NAPB-207ENST00000617876 3883 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 MAK16-201ENST00000360128 3991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 CADM1-206ENST00000537058 3550 ntTSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ABCB9-211ENST00000540285 3330 ntTSL 2 BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SLC44A4-202ENST00000229729 2589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZDHHC7-201ENST00000313732 3442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 MYO7A-205ENST00000458637 7336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.2■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 MRVI1-202ENST00000424001 5815 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PPP1R12A-201ENST00000261207 5582 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AL109910.1-201ENST00000452071 1330 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TMX1-201ENST00000457354 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SMG8-202ENST00000543872 3477 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PIGG-205ENST00000503111 2629 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZFYVE19-202ENST00000336455 1784 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 DPP3-211ENST00000532677 3078 ntTSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 GGTA1P-202ENST00000481534 3429 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 UBA3-201ENST00000349511 2112 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SLC35B3-201ENST00000379660 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC006450.3-201ENST00000453529 2146 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SCP2-203ENST00000371514 2811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ASAH2B-202ENST00000374007 3715 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ADAMTS10-211ENST00000597188 3749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SULF1-202ENST00000402687 4891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 NUDT2-201ENST00000346365 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 KRTAP10-1-201ENST00000400375 1215 ntAPPRIS P1 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC079776.1-201ENST00000401540 1152 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZFAND2B-203ENST00000409206 1159 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AL645941.1-201ENST00000415875 338 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC010745.3-201ENST00000439745 415 ntTSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 IQCF3-202ENST00000440739 505 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SERF1A-205ENST00000507348 663 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PGAM1P5-201ENST00000548011 764 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ATP6V1D-206ENST00000554236 888 ntTSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 MRPL52-216ENST00000557221 922 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC133550.2-201ENST00000567731 544 ntTSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC011489.1-202ENST00000586556 618 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 Six3os1_5.1-201ENST00000611000 271 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC133552.6-201ENST00000613406 534 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 NUDT2-204ENST00000618590 825 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 MRPL44-201ENST00000258383 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 IST1-203ENST00000378799 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 FOXN3-201ENST00000261302 2542 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ABI2-202ENST00000261017 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TJAP1-201ENST00000259751 2720 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 GUCY2EP-203ENST00000531117 1918 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PGBD5-202ENST00000525115 1569 ntTSL 2 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 HEXA-201ENST00000268097 5252 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PDP1-202ENST00000396200 4358 ntAPPRIS ALT1 TSL 4 BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC145098.2-201ENST00000623593 3026 ntBASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZNF133-201ENST00000316358 2242 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.19■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 NUMA1-233ENST00000616538 6998 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 WIPF3-201ENST00000242140 4184 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 MFSD11-201ENST00000336509 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 DLX4-202ENST00000411890 1404 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZNF287-201ENST00000395824 3373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 MYO9A-202ENST00000424560 4008 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ARHGEF9-203ENST00000374872 2364 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ENTPD3-204ENST00000456402 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SERPINA13P-201ENST00000469935 1718 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 HDAC7-202ENST00000354334 4065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 HDAC7-201ENST00000080059 4095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 BLVRB-201ENST00000263368 873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 UEVLD-201ENST00000300038 995 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SPAG11A-201ENST00000326558 612 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AP000317.2-201ENST00000362077 641 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 NAPB-201ENST00000377026 3837 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC092580.1-201ENST00000433998 658 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PRSS42-202ENST00000447340 1280 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 IP6K1-203ENST00000460540 1260 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AL157935.2-201ENST00000476274 1071 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 NAA40-206ENST00000542163 1035 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 ATXN2-AS-201ENST00000547021 485 ntTSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 EMC4-203ENST00000557879 1009 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 AC091891.1-201ENST00000560688 688 ntTSL 3 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 TUBB8-202ENST00000562809 820 ntTSL 5 BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 DNAH2-202ENST00000570791 2994 ntTSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 NCF4-201ENST00000248899 1396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 PSMC4-201ENST00000157812 1591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
CCDC112Q8NEF3 SLC26A6-207ENST00000420764 2630 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.18■□□□□ 0.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.3 ms