Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AP004608.1-203ENST00000528482 3679 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 PPP1R8-202ENST00000311772 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 MSI1-201ENST00000257552 2975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 CA10-201ENST00000285273 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 RECK-201ENST00000377966 4888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 MAP3K12-203ENST00000547035 2944 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SARS2-205ENST00000594171 1631 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 GMPR2-224ENST00000559910 1562 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AVPR1A-201ENST00000299178 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 TRIP12-205ENST00000409677 1507 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SUCLG2-203ENST00000492795 1512 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 PLEKHA4-201ENST00000263265 3088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 GAP43-202ENST00000393780 1901 ntTSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 PRAMEF25-201ENST00000614839 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 PRAMEF26-201ENST00000624207 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 GGT8P-201ENST00000418938 532 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 HAND2-AS1-208ENST00000504740 837 ntTSL 3 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 MST1L-204ENST00000545160 559 ntTSL 4 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AL445363.2-201ENST00000554608 837 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 LINC02328-202ENST00000554647 522 ntTSL 4 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.147-201ENST00000576563 312 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 MIR4640-201ENST00000581824 90 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC008750.5-201ENST00000595500 473 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.122-201ENST00000610476 285 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 TARM1-202ENST00000616041 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC079779.4-201ENST00000619113 548 ntTSL 5 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AL445363.1-201ENST00000623749 952 ntTSL 2 BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.210-201ENST00000637921 244 ntBASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 GHR-201ENST00000230882 4560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 LYRM1-202ENST00000396052 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.04■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC005014.1-201ENST00000432006 2976 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 BEND3P3-201ENST00000611030 2440 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 HIST3H2BB-201ENST00000620438 2364 ntAPPRIS P1 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ANKLE1-201ENST00000394458 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 WDR81-205ENST00000437219 3184 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SNCAIP-222ENST00000542191 2729 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC018445.4-201ENST00000624066 2291 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 GPRIN1-201ENST00000303991 4211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 LDLRAD1-203ENST00000420619 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 TUBAL3-201ENST00000380419 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SERPIND1-202ENST00000406799 1798 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 FAHD2A-204ENST00000447036 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 CXorf36-201ENST00000377934 2513 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SLC4A3-202ENST00000317151 4069 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC036214.1-201ENST00000502766 2126 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ZNF785-201ENST00000395216 3282 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 GIT1-211ENST00000581348 2827 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 PAPSS2-202ENST00000456849 3856 ntTSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 CCL17-201ENST00000219244 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 TEPP-201ENST00000290871 1079 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC131011.1-201ENST00000366134 672 ntTSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 S100A6-202ENST00000368720 673 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ASS1P1-201ENST00000402854 1237 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AKT3-IT1-201ENST00000417120 517 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 CTLA4-203ENST00000427473 969 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC011239.1-201ENST00000430988 584 ntTSL 4 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC093106.1-201ENST00000437271 352 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 RPL7AP53-201ENST00000468834 793 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC022784.6-202ENST00000523246 674 ntTSL 5 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 INCA1-204ENST00000576820 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC010601.2-201ENST00000623060 774 ntBASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ALDH5A1-202ENST00000357578 5248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ARSE-206ENST00000545496 2506 ntTSL 2 BASIC20.03■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 CYP2B7P-201ENST00000541697 1476 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ZNF74-209ENST00000611540 3714 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AL591368.1-201ENST00000437181 1449 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 LHX6-207ENST00000541397 2942 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ANO10-205ENST00000414522 2450 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 WDR27-201ENST00000423258 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 STRAP-202ENST00000419869 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 DRD3-204ENST00000467632 1554 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SULT1A3-201ENST00000338971 1097 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 RFNG-202ENST00000429557 994 ntTSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 GHRL-206ENST00000430179 856 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC010677.1-201ENST00000441690 412 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 COL18A1-AS2-201ENST00000446475 552 ntTSL 4 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC067942.1-202ENST00000471756 1057 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC106789.1-201ENST00000512927 570 ntTSL 4 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AL512356.1-201ENST00000548203 535 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 DTWD1-205ENST00000558653 1131 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC092720.1-202ENST00000565824 555 ntTSL 4 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 SMIM28-201ENST00000573100 855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 RPSAP67-201ENST00000584105 862 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 UBA52-214ENST00000599595 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 AC011483.3-201ENST00000601506 826 ntTSL 3 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 Metazoa_SRP.173-201ENST00000614020 273 ntBASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 RRM2B-201ENST00000251810 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 PDE2A-203ENST00000418754 2855 ntTSL 2 BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 MLPH-202ENST00000338530 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.8
TCOF1Q13428 CARNMT1-202ENST00000376834 4130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
TCOF1Q13428 MAPK8IP3-201ENST00000250894 5661 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.79
TCOF1Q13428 DRG2-202ENST00000395726 1897 ntTSL 5 BASIC20.01■□□□□ 0.79
TCOF1Q13428 CNTD1-204ENST00000588408 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
TCOF1Q13428 TRPV1-201ENST00000310522 2340 ntTSL 1 (best) BASIC20.01■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 111.1 ms