Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.4■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 AC068385.1-201ENST00000533218 409 ntTSL 3 BASIC29.4■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC29.39■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 FAM83F-202ENST00000473717 1917 ntTSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.39■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC29.39■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 AC092171.1-201ENST00000455866 753 ntTSL 2 BASIC29.39■■■□□ 2.3
SHANK3Q9BYB0 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 NFKBIB-201ENST00000313582 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 BCKDHB-203ENST00000369760 743 ntTSL 3 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC29.38■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC29.38■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 SLC35A2-210ENST00000616181 1614 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 HTATIP2-201ENST00000419348 1477 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 OSCAR-211ENST00000617140 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 ACTG1-210ENST00000575842 2256 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.37■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 COX4I1-216ENST00000568794 794 ntTSL 5 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC29.36■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.36■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 EI24-213ENST00000618552 1747 ntTSL 5 BASIC29.35■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 AC019068.1-201ENST00000415226 552 ntTSL 4 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 NIPSNAP2-205ENST00000446778 1882 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 YIF1B-202ENST00000337679 1257 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC29.34■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC29.34■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 P2RX4-211ENST00000543171 1777 ntTSL 5 BASIC29.33■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.33■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 AC006015.1-201ENST00000429970 570 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC29.33■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.33■■■□□ 2.29
SHANK3Q9BYB0 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC29.32■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC29.32■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 AC004528.2-201ENST00000610701 440 ntTSL 5 BASIC29.32■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 AC092468.1-201ENST00000491321 562 ntTSL 4 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 GZMM-201ENST00000264553 940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 ABHD14A-202ENST00000458031 1113 ntTSL 5 BASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC29.31■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC29.3■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC29.3■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC29.29■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 ACOT1-201ENST00000311148 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC29.29■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 SPRED3-202ENST00000586301 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.29■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 STK19-202ENST00000375333 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.28■■■□□ 2.28
SHANK3Q9BYB0 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC29.28■■■□□ 2.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.6 ms