Protein–RNA interactions for Protein: P11260

Lire1, LINE-1 retrotransposable element ORF1 protein, mousemouse

Predictions only

Length 357 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lire1P11260 Ino80b-201ENSMUST00000032109 1038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Lire1P11260 AI837181-202ENSMUST00000159759 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Lire1P11260 Mapk13-201ENSMUST00000004986 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
Lire1P11260 Dnttip1-202ENSMUST00000109326 476 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Lire1P11260 Sh3rf1-201ENSMUST00000034060 5479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Lire1P11260 Upp2-202ENSMUST00000071543 2150 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Lire1P11260 Ndufaf6-201ENSMUST00000058183 1082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Lire1P11260 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Lire1P11260 Ryk-203ENSMUST00000175883 2505 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Lire1P11260 Zfp131-205ENSMUST00000223812 663 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
Lire1P11260 Jag2-201ENSMUST00000075827 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
Lire1P11260 Bod1-201ENSMUST00000058060 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Lire1P11260 AC166822.3-201ENSMUST00000227394 661 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
Lire1P11260 Mef2a-201ENSMUST00000032776 2476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
Lire1P11260 Mkrn1-203ENSMUST00000114822 751 ntTSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
Lire1P11260 Homer3-202ENSMUST00000087467 880 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Lire1P11260 Gnai2-202ENSMUST00000192615 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Lire1P11260 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
Lire1P11260 Pard6a-205ENSMUST00000212430 1261 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Lire1P11260 Yif1b-202ENSMUST00000108237 1086 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Lire1P11260 Srp9-202ENSMUST00000111018 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Lire1P11260 Fkbp8-204ENSMUST00000119698 1799 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Lire1P11260 Gm42984-201ENSMUST00000195990 987 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Lire1P11260 Rnf130-201ENSMUST00000054684 1415 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Lire1P11260 Ilk-201ENSMUST00000033182 1795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Lire1P11260 Nemp1-202ENSMUST00000118612 1522 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
Lire1P11260 Hoxc13-201ENSMUST00000001700 2461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.4
Lire1P11260 Trp53i13-201ENSMUST00000060417 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Lire1P11260 Fxyd1-205ENSMUST00000205439 535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
Lire1P11260 AC153504.1-201ENSMUST00000218379 2290 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
Lire1P11260 Rab2a-201ENSMUST00000060232 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
Lire1P11260 9230104M06Rik-201ENSMUST00000180971 1963 ntBASIC23.8■■□□□ 1.4
Lire1P11260 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Lire1P11260 Lrrc1-204ENSMUST00000183734 2113 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Lire1P11260 Rnf149-201ENSMUST00000062525 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Lire1P11260 AL845457.1-201ENSMUST00000197244 68 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
Lire1P11260 Srsf9-201ENSMUST00000031513 1162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
Lire1P11260 Zfp131-207ENSMUST00000224946 1783 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
Lire1P11260 Mapk14-205ENSMUST00000114758 1581 ntTSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
Lire1P11260 Foxc1-201ENSMUST00000062292 5844 ntAPPRIS P1 BASIC23.72■■□□□ 1.39
Lire1P11260 Emx1-201ENSMUST00000045942 1561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Lire1P11260 Gltp-203ENSMUST00000112214 944 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
Lire1P11260 Rnf19b-201ENSMUST00000030584 2414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
Lire1P11260 Calm3-201ENSMUST00000019514 2290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Lire1P11260 1700069B07Rik-202ENSMUST00000191155 939 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
Lire1P11260 Maf-201ENSMUST00000069009 3223 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
Lire1P11260 Mbd3-204ENSMUST00000105349 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Lire1P11260 Vstm2l-201ENSMUST00000109523 1363 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
Lire1P11260 Dennd1b-209ENSMUST00000200533 1853 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Lire1P11260 Exosc6-201ENSMUST00000210390 1326 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.38
Lire1P11260 Egln2-201ENSMUST00000080058 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Lire1P11260 Carnmt1-201ENSMUST00000025632 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Lire1P11260 Ppp1cc-201ENSMUST00000086294 1442 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Lire1P11260 Irak1-207ENSMUST00000114360 2441 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Lire1P11260 Cldn10-203ENSMUST00000100314 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Lire1P11260 Cnnm3-202ENSMUST00000097776 5292 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Lire1P11260 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Lire1P11260 Gm16148-201ENSMUST00000119653 893 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
Lire1P11260 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
Lire1P11260 Maz-201ENSMUST00000032916 2347 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Lire1P11260 Orai1-202ENSMUST00000121652 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
Lire1P11260 Bin1-202ENSMUST00000091967 2118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Lire1P11260 Dlx4-201ENSMUST00000021241 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Lire1P11260 Vdac3-202ENSMUST00000179233 1423 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
Lire1P11260 2210008F06Rik-201ENSMUST00000180805 1082 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Ppp1r14c-202ENSMUST00000217573 2013 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Hexdc-202ENSMUST00000106117 2149 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Pradc1-201ENSMUST00000032080 1038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Ankrd28-201ENSMUST00000014640 6712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Adap1-201ENSMUST00000110865 2557 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Coq10a-207ENSMUST00000220227 1434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Dlg1-203ENSMUST00000100001 4711 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Rnf130-202ENSMUST00000102776 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Lire1P11260 1700028N14Rik-201ENSMUST00000139621 747 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Chrna5-202ENSMUST00000213960 1737 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Tdp2-203ENSMUST00000223804 1136 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Azin2-201ENSMUST00000030581 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Prr3-201ENSMUST00000055454 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Gm42517-201ENSMUST00000197216 1850 ntAPPRIS P1 BASIC23.45■■□□□ 1.35
Lire1P11260 Gnaq-201ENSMUST00000025541 5644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Lire1P11260 Zfp131-206ENSMUST00000223813 2561 ntAPPRIS P3 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Lire1P11260 Ctbp1-206ENSMUST00000201575 2091 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Lire1P11260 Irf2bp2-201ENSMUST00000054960 5080 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Lire1P11260 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Lire1P11260 Cnnm3-201ENSMUST00000001166 5193 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
Lire1P11260 Lactb-202ENSMUST00000215172 1806 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
Lire1P11260 Mocs3-201ENSMUST00000099071 1973 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
Lire1P11260 Btf3-201ENSMUST00000022163 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Lire1P11260 Eif2ak3-204ENSMUST00000162950 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Lire1P11260 Tprgl-201ENSMUST00000030896 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Lire1P11260 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Lire1P11260 Plekha3-201ENSMUST00000111920 2534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Lire1P11260 Rab22a-202ENSMUST00000109110 849 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Lire1P11260 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
Lire1P11260 Popdc3-202ENSMUST00000161803 1369 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Lire1P11260 Casp9-202ENSMUST00000097805 1498 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Lire1P11260 Peli2-204ENSMUST00000226513 1320 ntBASIC23.33■■□□□ 1.33
Lire1P11260 Cenpv-201ENSMUST00000018653 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Lire1P11260 Sh3glb2-203ENSMUST00000113620 1694 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Lire1P11260 Gm960-202ENSMUST00000177696 2262 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 7.7 ms