Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 TMEM186-201ENST00000333050 1448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 Z97653.2-201ENST00000623057 1418 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 FLAD1-206ENST00000368432 1839 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 SLC7A8-212ENST00000529705 1819 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 KCNMA1-278ENST00000640141 5705 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 MT-ND6-201ENST00000361681 525 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC013436.1-201ENST00000425077 422 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AL357140.1-201ENST00000454104 424 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AADAC-202ENST00000488869 719 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 PDPN-208ENST00000509009 571 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC124242.1-203ENST00000517747 817 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AACSP1-202ENST00000521412 1095 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AL136298.3-201ENST00000556746 445 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC012146.4-201ENST00000575546 271 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC136475.9-201ENST00000605240 497 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 PDZRN3-AS1-203ENST00000608743 780 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 NT5C3A-213ENST00000610140 1670 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 DPYSL4-201ENST00000338492 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 MOCS1-201ENST00000340692 2747 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 SIGLECL1-201ENST00000316401 1708 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 IMPDH1-203ENST00000354269 2580 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 BTN2A2-204ENST00000432533 1570 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 TUBB8P5-201ENST00000445286 1351 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CUX1P39880 NIPSNAP3A-201ENST00000374767 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 BHMG1-201ENST00000457052 2749 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 GPR17-201ENST00000272644 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 ZNF655-201ENST00000252713 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 ATP6V1B1-201ENST00000234396 1891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 C1QTNF9-202ENST00000382071 1854 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 RADIL-201ENST00000399583 3689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AL121972.2-201ENST00000431108 556 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 TEX38-204ENST00000564373 637 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 SKINT1L-204ENST00000604015 540 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC021321.1-201ENST00000607397 1113 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AL117379.1-201ENST00000619319 677 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 DBR1-201ENST00000260803 2666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 FMN2-201ENST00000319653 6434 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 ZNF397-209ENST00000591206 1516 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 ITGB1BP1-201ENST00000238091 1772 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AMHR2-204ENST00000550311 1787 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AMPD2-218ENST00000528454 2728 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 POLR2J2-203ENST00000476151 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 PGAP2-202ENST00000300730 1843 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 TP73-207ENST00000378290 1831 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 PGAP2-203ENST00000396986 1837 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 CXorf40A-212ENST00000514208 1840 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 CDK5RAP1-202ENST00000346416 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 ARSH-201ENST00000381130 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 PSG8-AS1-201ENST00000425668 1873 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 SBNO2-202ENST00000438103 4537 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 DDX50-206ENST00000610822 2510 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 MANEA-AS1-201ENST00000564541 2268 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 RFPL3-201ENST00000249007 1488 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 TSPYL5-201ENST00000322128 4491 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CUX1P39880 CCDC22-201ENST00000376227 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 BNIP1-202ENST00000351486 1184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 ECHDC2-201ENST00000358358 1126 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 USMG5-205ENST00000369825 789 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 PHYHD1-203ENST00000372592 2133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 NANOS3-202ENST00000397555 769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 FAM138A-201ENST00000417324 1187 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AKR1C6P-201ENST00000432950 983 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC012100.1-201ENST00000470304 282 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 FAM138D-201ENST00000504074 1187 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 FAM138E-201ENST00000507796 1187 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AL356805.1-201ENST00000556383 341 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC091691.1-201ENST00000583587 1018 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 CYP2B7P-202ENST00000593298 1087 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC010319.4-201ENST00000593957 691 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 UBA52-214ENST00000599595 692 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AP006248.1-201ENST00000610471 67 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AL161937.2-201ENST00000615503 403 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AATK-201ENST00000326724 5257 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 MAP7-205ENST00000544465 2744 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 SULT1C4-201ENST00000272452 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC111170.3-201ENST00000624282 2464 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AL391097.1-201ENST00000432706 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 MFAP4-202ENST00000395592 1932 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 PNPLA3-201ENST00000216180 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 SRRD-201ENST00000215917 4020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 DLGAP1-AS1-201ENST00000317114 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 LRRC17-202ENST00000339431 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 ZNF219-203ENST00000451119 2918 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 TESPA1-202ENST00000449076 2010 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 FSTL4-207ENST00000621681 2660 ntTSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC005912.2-201ENST00000619492 2400 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 CYP2B7P-201ENST00000541697 1476 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 WIPI2-201ENST00000288828 4476 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 IMPDH1P5-201ENST00000439688 1540 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 E2F6-202ENST00000381525 3218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 SLC25A18-201ENST00000327451 2244 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 ZNF365-207ENST00000410046 3379 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CUX1P39880 CLDN10-AS1-201ENST00000416909 895 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CUX1P39880 PTPA-219ENST00000435305 530 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CUX1P39880 AC024028.1-201ENST00000437145 437 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60 ms