Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 LINC02328-202ENST00000554647 522 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 KRT18P8-201ENST00000581937 1246 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 NAT9-219ENST00000582524 573 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SRD5A3-AS1-203ENST00000591915 709 ntTSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC022001.3-201ENST00000606330 596 ntBASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 PACRG-AS3-204ENST00000620150 567 ntTSL 4 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 STARD7-201ENST00000337288 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SLC52A3-202ENST00000381944 3060 ntTSL 2 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SOCS2-212ENST00000622746 2881 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.6■■□□□ 1.21
CUX1P39880 TSPAN14-210ENST00000616406 2436 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC152010.1-201ENST00000415779 2006 ntBASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SVIL-AS1-204ENST00000427063 2025 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 A1CF-202ENST00000373993 1997 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AZIN1-201ENST00000337198 4721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SLC35A2-204ENST00000376521 3047 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 RARG-203ENST00000425354 2959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 NDUFA6-AS1-203ENST00000439129 2950 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 DLC1-203ENST00000358919 4392 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ZNF18-201ENST00000322748 2767 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ATP6V0A4-202ENST00000353492 2709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 LYSMD4-204ENST00000409796 2672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 CDSN-202ENST00000376288 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 TEX38-201ENST00000334122 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 FAM9C-202ENST00000380625 1122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AL022725.1-201ENST00000436283 369 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 POU5F1-202ENST00000441888 1055 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC022182.2-201ENST00000525556 859 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC026150.1-201ENST00000562992 701 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC116552.1-201ENST00000563243 733 ntTSL 3 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC100778.4-201ENST00000581232 582 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 DSCAS-201ENST00000581836 553 ntTSL 4 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SLC44A2-203ENST00000586078 3784 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 TATDN3-202ENST00000366974 2389 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 STAT5A-211ENST00000590949 3318 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 PRAME-205ENST00000405655 2179 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 RNF135-202ENST00000328381 2892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ZNF821-214ENST00000565601 1858 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 STK25-201ENST00000316586 4619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 GSN-203ENST00000373808 2664 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 KAT7-204ENST00000454930 1774 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 ALDOA-213ENST00000564595 1663 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 S100PBP-203ENST00000373476 3320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 TMUB2-205ENST00000587172 1598 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AGFG1-204ENST00000409315 2912 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC005519.2-201ENST00000554532 1367 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 BTF3-202ENST00000380591 1237 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC008267.3-201ENST00000448776 712 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SOX2-OT-203ENST00000466034 926 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC010395.2-201ENST00000509899 904 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC104117.4-201ENST00000521486 847 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 FTH1-205ENST00000529631 507 ntTSL 4 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 HAX1-211ENST00000532105 771 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC126177.4-201ENST00000547452 731 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 AC127496.3-201ENST00000576032 494 ntTSL 3 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SOX2-OT-221ENST00000594942 675 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 CR392039.2-201ENST00000623182 509 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 MAP3K9-206ENST00000555993 4449 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 CDK20-209ENST00000605159 1860 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 IL1RN-201ENST00000259206 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 HS1BP3-201ENST00000304031 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 PUF60-204ENST00000456095 1736 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 TBC1D3P1-201ENST00000590047 1693 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SPHK2-210ENST00000599748 2683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 SPATA16-201ENST00000351008 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
CUX1P39880 MRFAP1L1-201ENST00000320848 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
CUX1P39880 C1orf159-202ENST00000379320 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CUX1P39880 ADRA1A-210ENST00000519229 1838 ntTSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.2
CUX1P39880 KRTAP4-6-201ENST00000345847 1055 ntAPPRIS P1 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 AC005822.1-201ENST00000414124 1034 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 CTLA4-203ENST00000427473 969 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 AL359979.2-201ENST00000435108 613 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 AC010136.1-201ENST00000450996 568 ntTSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 AL358215.1-201ENST00000481350 482 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 AC008808.2-201ENST00000510349 569 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 CCNL2P1-201ENST00000512846 969 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 AC022634.2-201ENST00000521504 382 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 AC104759.1-201ENST00000559109 939 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 CD276-217ENST00000564751 951 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 AC079336.3-201ENST00000577227 475 ntTSL 3 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 AC005906.2-208ENST00000638655 1286 ntTSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 AC099795.2-201ENST00000639582 440 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 ECE1-201ENST00000264205 2381 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 ZFP36L1-201ENST00000336440 3026 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 MIDN-201ENST00000300952 3790 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 RRM2-202ENST00000360566 3673 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 LINC00667-206ENST00000582363 2935 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 WASHC1-201ENST00000442898 1827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 PRKRIP1-201ENST00000397912 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 SPDYA-202ENST00000379579 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 SLC25A38-201ENST00000273158 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CUX1P39880 ASMT-203ENST00000381241 1388 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.3 ms