Protein–RNA interactions for Protein: Q6P9F5

TRIM40, Tripartite motif-containing protein 40, humanhuman

Predictions only

Length 258 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM40Q6P9F5 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 KCNT1-201ENST00000263604 5245 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.04
TRIM40Q6P9F5 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC21.51■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 REPS2-202ENST00000357277 7953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 TMEM185B-201ENST00000426077 2131 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 HNRNPD-202ENST00000352301 1667 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 LSR-204ENST00000361790 2210 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
TRIM40Q6P9F5 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.5 ms