Protein–RNA interactions for Protein: Q13286

CLN3, Battenin, humanhuman

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Length 438 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3Q13286 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 TRIM2-212ENST00000632856 656 ntTSL 3 BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC21.18■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC21.17■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 GFRA3-202ENST00000378362 1837 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 PPAN-201ENST00000253107 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 RASGRP2-203ENST00000377486 667 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC21.16■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 ODF3L2-201ENST00000315489 1604 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.15■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.98
CLN3Q13286 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC21.14■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.14■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC21.13■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 AC007773.1-201ENST00000592680 972 ntTSL 2 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 TMEM191B-201ENST00000612978 1220 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 AC133637.1-201ENST00000624115 1537 ntBASIC21.12■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC21.12■□□□□ 0.97
CLN3Q13286 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC21.12■□□□□ 0.97
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