Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 CLDN5-201ENST00000403084 2357 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 MPP5-205ENST00000556345 1163 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 EYA2-203ENST00000357410 2465 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 CADM1-201ENST00000331581 1766 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
CCDC42Q96M95 TTC34-202ENST00000637179 1775 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 YY1AP1-212ENST00000404643 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 TPST2-203ENST00000403880 2084 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 NEURL4-202ENST00000399464 5200 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 COMT-203ENST00000403184 2217 ntTSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 METTL9-202ENST00000396014 1817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 RAD9A-201ENST00000307980 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 DPEP2-204ENST00000572888 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 PTPRJ-201ENST00000418331 5122 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 DISC1-220ENST00000602873 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 PARD3-213ENST00000545260 5740 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 RNF39-201ENST00000244360 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
CCDC42Q96M95 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms