Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.53■■■■□ 3.76
CUX1P39880 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.52■■■■□ 3.76
CUX1P39880 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.52■■■■□ 3.76
CUX1P39880 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC38.52■■■■□ 3.76
CUX1P39880 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.52■■■■□ 3.76
CUX1P39880 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC38.52■■■■□ 3.76
CUX1P39880 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC38.52■■■■□ 3.76
CUX1P39880 DLX3-202ENST00000512495 834 ntTSL 2 BASIC38.52■■■■□ 3.76
CUX1P39880 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC38.51■■■■□ 3.76
CUX1P39880 AP001107.5-202ENST00000533759 948 ntTSL 5 BASIC38.51■■■■□ 3.76
CUX1P39880 FAM53B-201ENST00000280780 1568 ntTSL 1 (best) BASIC38.5■■■■□ 3.75
CUX1P39880 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.5■■■■□ 3.75
CUX1P39880 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC38.5■■■■□ 3.75
CUX1P39880 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC38.5■■■■□ 3.75
CUX1P39880 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.5■■■■□ 3.75
CUX1P39880 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.5■■■■□ 3.75
CUX1P39880 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC38.49■■■■□ 3.75
CUX1P39880 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC38.49■■■■□ 3.75
CUX1P39880 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC38.49■■■■□ 3.75
CUX1P39880 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC38.48■■■■□ 3.75
CUX1P39880 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC38.48■■■■□ 3.75
CUX1P39880 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC38.48■■■■□ 3.75
CUX1P39880 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.47■■■■□ 3.75
CUX1P39880 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC38.47■■■■□ 3.75
CUX1P39880 AC004911.1-201ENST00000416316 871 ntBASIC38.47■■■■□ 3.75
CUX1P39880 UBE2E2-203ENST00000425792 1248 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.47■■■■□ 3.75
CUX1P39880 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.46■■■■□ 3.75
CUX1P39880 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC38.46■■■■□ 3.75
CUX1P39880 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.46■■■■□ 3.75
CUX1P39880 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.46■■■■□ 3.75
CUX1P39880 GRPEL2-202ENST00000416916 1006 ntTSL 2 BASIC38.46■■■■□ 3.75
CUX1P39880 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC38.46■■■■□ 3.75
CUX1P39880 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC38.45■■■■□ 3.75
CUX1P39880 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC38.45■■■■□ 3.75
CUX1P39880 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC38.45■■■■□ 3.75
CUX1P39880 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC38.45■■■■□ 3.75
CUX1P39880 AC141586.4-201ENST00000624558 1573 ntBASIC38.45■■■■□ 3.75
CUX1P39880 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.45■■■■□ 3.75
CUX1P39880 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC38.45■■■■□ 3.75
CUX1P39880 KCNN1-204ENST00000615435 1691 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC38.45■■■■□ 3.75
CUX1P39880 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.45■■■■□ 3.74
CUX1P39880 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC38.44■■■■□ 3.74
CUX1P39880 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC38.44■■■■□ 3.74
CUX1P39880 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC38.44■■■■□ 3.74
CUX1P39880 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.44■■■■□ 3.74
CUX1P39880 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.44■■■■□ 3.74
CUX1P39880 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 MLNR-201ENST00000218721 1239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 BRD2-214ENST00000496118 735 ntTSL 1 (best) BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC38.43■■■■□ 3.74
CUX1P39880 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.42■■■■□ 3.74
CUX1P39880 SPATA22-214ENST00000575375 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.42■■■■□ 3.74
CUX1P39880 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC38.42■■■■□ 3.74
CUX1P39880 AL353743.1-201ENST00000637846 1769 ntTSL 5 BASIC38.42■■■■□ 3.74
CUX1P39880 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC38.42■■■■□ 3.74
CUX1P39880 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC38.42■■■■□ 3.74
CUX1P39880 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC38.42■■■■□ 3.74
CUX1P39880 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC38.42■■■■□ 3.74
CUX1P39880 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.42■■■■□ 3.74
CUX1P39880 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC38.41■■■■□ 3.74
CUX1P39880 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC38.41■■■■□ 3.74
CUX1P39880 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC38.41■■■■□ 3.74
CUX1P39880 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC38.41■■■■□ 3.74
CUX1P39880 MELTF-AS1-202ENST00000415244 951 ntTSL 1 (best) BASIC38.41■■■■□ 3.74
CUX1P39880 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC38.41■■■■□ 3.74
CUX1P39880 MIF4GD-211ENST00000580571 952 ntTSL 2 BASIC38.41■■■■□ 3.74
CUX1P39880 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.41■■■■□ 3.74
CUX1P39880 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.41■■■■□ 3.74
CUX1P39880 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.41■■■■□ 3.74
CUX1P39880 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC38.41■■■■□ 3.74
CUX1P39880 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC38.4■■■■□ 3.74
CUX1P39880 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC38.4■■■■□ 3.74
CUX1P39880 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC38.4■■■■□ 3.74
CUX1P39880 ANAPC11-219ENST00000583839 499 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC38.4■■■■□ 3.74
CUX1P39880 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC38.4■■■■□ 3.74
CUX1P39880 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC38.4■■■■□ 3.74
CUX1P39880 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.4■■■■□ 3.74
CUX1P39880 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.4■■■■□ 3.74
CUX1P39880 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.4■■■■□ 3.74
CUX1P39880 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC38.4■■■■□ 3.74
CUX1P39880 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC38.39■■■■□ 3.74
CUX1P39880 AC243773.2-201ENST00000616341 490 ntTSL 2 BASIC38.39■■■■□ 3.74
CUX1P39880 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC38.39■■■■□ 3.74
CUX1P39880 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC38.39■■■■□ 3.74
CUX1P39880 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC38.39■■■■□ 3.74
CUX1P39880 TNFRSF11A-207ENST00000639222 855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC38.38■■■■□ 3.74
CUX1P39880 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC38.38■■■■□ 3.73
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms