Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 SUSD3-202ENST00000375472 1195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 ARRDC2-202ENST00000379656 2528 ntTSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 ABHD17C-201ENST00000258884 2368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 RAB33A-201ENST00000257017 1258 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 RNF19B-203ENST00000373456 2560 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 NAB1-202ENST00000409581 2360 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 TLX1-203ENST00000467928 1838 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 AF117829.1-207ENST00000504145 1572 ntTSL 3 BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
VPS53Q5VIR6 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 SEPT5-201ENST00000383045 1588 ntTSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 SPHK1-210ENST00000592299 1821 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 NPEPL1-201ENST00000356091 2378 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 TARSL2-207ENST00000615656 2356 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.96
VPS53Q5VIR6 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.26■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 THRA-201ENST00000264637 2538 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
VPS53Q5VIR6 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.6 ms