Protein–RNA interactions for Protein: P25940

COL5A3, Collagen alpha-3(V) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,745 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL5A3P25940 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 STARD3NL-201ENST00000009041 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.12■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 HAUS7-202ENST00000370211 1363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC29.11■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.11■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 SUZ12P1-202ENST00000578070 929 ntTSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC29.1■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 LRRC24-202ENST00000533758 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.1■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 GP9-201ENST00000307395 889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC29.09■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 MADCAM1-206ENST00000617201 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 MADCAM1-207ENST00000619333 1485 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC29.09■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 AC096887.1-203ENST00000607203 768 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC29.08■■■□□ 2.25
COL5A3P25940 PCSK6-201ENST00000331826 2309 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 PYY-201ENST00000360085 1053 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC29.07■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.07■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 AL137784.2-201ENST00000607332 1000 ntBASIC29.06■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 IQANK1-201ENST00000527139 1803 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC29.06■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC29.05■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC29.05■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.04■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC29.03■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC29.03■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC29.02■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC29.02■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.24
COL5A3P25940 SNCB-206ENST00000614675 1407 ntTSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL5A3P25940 MPC1-202ENST00000360961 962 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL5A3P25940 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC29.01■■■□□ 2.23
COL5A3P25940 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL5A3P25940 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL5A3P25940 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC29.01■■■□□ 2.23
COL5A3P25940 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29■■■□□ 2.23
COL5A3P25940 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC29■■■□□ 2.23
COL5A3P25940 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
COL5A3P25940 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC29■■■□□ 2.23
COL5A3P25940 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC29■■■□□ 2.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms