Protein–RNA interactions for Protein: O60902

SHOX2, Short stature homeobox protein 2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 331 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHOX2O60902 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 CCDC130-201ENST00000221554 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 SYT7-206ENST00000540677 2013 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 DOK3-201ENST00000312943 2292 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 EPN1-201ENST00000085079 2355 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 AOC1-202ENST00000416793 2453 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 EPHA6-202ENST00000470610 2058 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 TMC6-212ENST00000589553 2389 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 NUTF2-201ENST00000219169 2321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
SHOX2O60902 TARBP1-201ENST00000040877 5130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 GRIN2D-201ENST00000263269 5093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 RHCE-204ENST00000349320 1810 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 NOS3-204ENST00000467517 2377 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 SHOX2-203ENST00000441443 3038 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 TMC7-205ENST00000569532 2738 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 PEX6-201ENST00000244546 2696 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 SLC9A3R1-201ENST00000262613 1969 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 SOX21-201ENST00000376945 2778 ntAPPRIS P1 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 RDX-204ENST00000528498 2511 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 TMEM250-205ENST00000561457 2804 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 ATMIN-201ENST00000299575 4884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 CLK3-202ENST00000395066 2621 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 MARK3-206ENST00000440884 2643 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 ZNF688-201ENST00000223459 2506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 NEU4-202ENST00000391969 2526 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 PLPP5-209ENST00000529359 2185 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 ESR2-204ENST00000353772 2454 ntTSL 1 (best) BASIC22.8■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 SLC1A5-203ENST00000542575 2882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC22.79■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 PPP1R1B-201ENST00000254079 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.79■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 INAFM2-202ENST00000638170 3052 ntAPPRIS P1 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC22.78■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 TMED4-201ENST00000289577 2203 ntTSL 2 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.78■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.24
SHOX2O60902 EZH2-201ENST00000320356 2639 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.77■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 PRRT4-207ENST00000535159 2897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC22.76■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 EPDR1-201ENST00000199448 2599 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 CENPVL1-201ENST00000602548 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 CENPVL2-201ENST00000634648 1620 ntAPPRIS P1 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 ITGBL1-206ENST00000618057 2368 ntTSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.76■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 HNRNPLL-203ENST00000378915 2523 ntTSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 KCTD13-207ENST00000568000 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 UNC93B1-201ENST00000227471 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 IFNGR2-202ENST00000381995 1742 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 UBC-201ENST00000339647 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 SNAP23-202ENST00000349777 2480 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 DAZAP2-201ENST00000412716 2598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
SHOX2O60902 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms