Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 CCDC68-204ENST00000591504 4132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SLC34A2-202ENST00000503434 2174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TMEM189-203ENST00000371656 1973 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 ASB10-204ENST00000420175 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 LETMD1-206ENST00000547008 1665 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 GNAO1-202ENST00000262494 5767 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 KCNT1-211ENST00000491806 3678 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PPIL3-201ENST00000286175 1370 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 FOXO4-201ENST00000341558 1353 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 FIS1-201ENST00000223136 734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 OR9I1-201ENST00000302610 945 ntAPPRIS P1 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CRB3-201ENST00000308243 631 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RPAIN-201ENST00000327154 815 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NUDT4-201ENST00000337179 9753 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NCR3-201ENST00000340027 1042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC239868.1-201ENST00000369385 493 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CST9L-201ENST00000376979 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AL627231.1-201ENST00000394467 1125 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC073150.1-201ENST00000450406 1084 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TAPBP-241ENST00000489157 1299 ntTSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NR2C2AP-207ENST00000544883 899 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PGAM1P5-201ENST00000548011 764 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC073573.1-201ENST00000550908 481 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC135983.1-201ENST00000562108 1097 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NAT9-211ENST00000580632 799 ntTSL 3 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC127024.2-201ENST00000581019 789 ntTSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 EXOSC5-204ENST00000596905 826 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC103810.10-201ENST00000606504 343 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 HIST2H2BB-202ENST00000609585 563 ntTSL 2 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RN7SL736P-201ENST00000613111 269 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AL390755.1-201ENST00000623716 2027 ntBASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 FZD5-201ENST00000295417 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 ZNF30-202ENST00000439785 2651 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TRAF6-201ENST00000348124 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CIC-207ENST00000575354 5473 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NEURL1-201ENST00000369780 4314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MAGEB2-201ENST00000378988 1610 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NUP93-201ENST00000308159 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SELENOS-201ENST00000398226 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 MYLK2-202ENST00000375994 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CD27-201ENST00000266557 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 ARV1-201ENST00000310256 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SLC35G5-201ENST00000382435 1321 ntAPPRIS P1 BASIC14.91□□□□□ -0.02
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USP39Q53GS9 KLHL26-201ENST00000300976 4407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.91□□□□□ -0.02
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USP39Q53GS9 ARHGAP25-216ENST00000497079 1843 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
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USP39Q53GS9 RPL35-201ENST00000348462 455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
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USP39Q53GS9 SERPINE3-201ENST00000400389 1218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PIK3IP1-202ENST00000402249 999 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AL021707.5-201ENST00000420118 461 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AP1B1P1-201ENST00000432373 827 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 HILPDA-202ENST00000435296 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AL139412.1-202ENST00000452465 675 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 EFCAB10-201ENST00000460135 717 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RN7SL181P-201ENST00000462921 277 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC106047.1-202ENST00000467484 482 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 DUSP13-206ENST00000472493 920 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AC008406.1-201ENST00000509530 541 ntTSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 CCDC86-203ENST00000545580 697 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TMEM231-206ENST00000565067 1078 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NAT9-212ENST00000581136 1011 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 TLDC2-203ENST00000602922 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PAX4-207ENST00000611453 1235 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 RPL35-206ENST00000629845 340 ntTSL 5 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 AL805961.1-201ENST00000642026 753 ntBASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 KATNA1-203ENST00000367411 1984 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 GRB7-203ENST00000394209 1955 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 SPHK2-210ENST00000599748 2683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 NATD1-201ENST00000611551 4931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.9□□□□□ -0.02
USP39Q53GS9 DNAJC7-202ENST00000426588 1774 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.02
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