Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 PEA15-203ENST00000368077 1021 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 KRTAP10-3-201ENST00000391620 971 ntAPPRIS P1 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 TLE1P1-201ENST00000422965 589 ntBASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 SKA2-202ENST00000437036 625 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 AC234782.1-201ENST00000451950 919 ntBASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 AC009403.1-204ENST00000469539 597 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 TP53AIP1-204ENST00000530777 363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 AP006333.2-201ENST00000544948 732 ntTSL 3 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 ERICH5-202ENST00000545282 596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 AC015660.1-201ENST00000560103 395 ntTSL 3 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 AC103988.2-201ENST00000561804 725 ntBASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 MT1H-202ENST00000569155 697 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 AC127024.2-201ENST00000581019 789 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 CROCCP3-204ENST00000590118 574 ntTSL 4 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 MIR6720-201ENST00000611664 98 ntBASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 SNX1-214ENST00000625244 324 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 SMARCA2-204ENST00000357248 5855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 ADAMTSL1-204ENST00000380545 1562 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 GHDC-207ENST00000587427 2396 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 KIF17-201ENST00000247986 3969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 PCED1B-201ENST00000432328 1862 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 TFAM-204ENST00000487519 5414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 ATE1-203ENST00000369043 4900 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 KIF21B-201ENST00000332129 9897 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 ACAP2-201ENST00000326793 7160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 TICRR-202ENST00000560985 6656 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 C11orf16-202ENST00000525780 1685 ntTSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 MCL1-202ENST00000369026 3932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC14.33□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 FAM160B1-203ENST00000369250 2870 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 PUS1-202ENST00000376649 4094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 CALCR-203ENST00000394441 1774 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 TBC1D3G-201ENST00000569055 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 TBC1D3H-201ENST00000610350 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 TBC1D3L-202ENST00000617678 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 CACNA2D1-201ENST00000356253 3858 ntTSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 SYNRG-223ENST00000616179 4050 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 ALOX12B-201ENST00000319144 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 AC009961.1-203ENST00000607836 2520 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 TMEM256-201ENST00000302422 486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 EDF1-202ENST00000371648 809 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 MPV17-204ENST00000399052 749 ntTSL 4 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 PARVG-202ENST00000415224 999 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 Z82214.1-201ENST00000419643 988 ntTSL 3 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 PDIA3P2-201ENST00000428073 158 ntBASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 PARP8-206ENST00000503665 572 ntTSL 4 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 CPLX2-209ENST00000515094 576 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 SCARNA21-201ENST00000517026 139 ntBASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 NKX3-1-202ENST00000523261 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 AL355310.3-201ENST00000526411 582 ntTSL 3 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 RTN3P1-201ENST00000536295 711 ntBASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 SRD5A3-AS1-211ENST00000599135 737 ntTSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 SPCS2P2-201ENST00000603270 608 ntBASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 AC012044.1-201ENST00000603431 297 ntBASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 NPIPB11-202ENST00000614927 1216 ntTSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 RASA3-201ENST00000334062 4191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 PML-201ENST00000268058 4508 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 UBXN11-207ENST00000374223 1312 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 HNRNPLL-205ENST00000409636 3980 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 ATP6V0E2-207ENST00000479613 1666 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 TNPO2-202ENST00000425528 5122 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 FAM90A7P-201ENST00000382628 1395 ntBASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 FAM90A23P-201ENST00000400136 1395 ntBASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 MPZL2-202ENST00000438295 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 SH3PXD2B-203ENST00000519643 1394 ntTSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 OSBPL8-201ENST00000261183 7239 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 OSBPL8-218ENST00000611266 7239 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 SP2-201ENST00000376741 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 TP73-201ENST00000346387 4854 ntTSL 5 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 PAWR-201ENST00000328827 9129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 PNPLA6-201ENST00000221249 4617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 R3HDM2-201ENST00000347140 4331 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.32□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 RMND1-202ENST00000367303 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 FKBP6-201ENST00000252037 1500 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC14.31□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 OSMR-201ENST00000274276 5539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 USP36-201ENST00000312010 5234 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC14.31□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 EVC2-201ENST00000310917 4828 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 TPD52-201ENST00000379096 4041 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 LPAR1-203ENST00000374431 3637 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 F2-201ENST00000311907 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 CAMK2B-206ENST00000353625 1624 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 CACNA2D3-202ENST00000415676 3661 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
CCDC3Q9BQI4 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC14.31□□□□□ -0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 72.1 ms