Protein–RNA interactions for Protein: P58872

RHBDL3, Rhomboid-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RHBDL3P58872 CCDC106-205ENST00000588740 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.25■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 KRT72-203ENST00000537672 1813 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.25■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC27.24■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 NRL-202ENST00000396997 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC27.24■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 PFKP-201ENST00000381072 1698 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.23■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 AC092171.4-201ENST00000609130 632 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC27.23■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 UBAP1L-203ENST00000559089 1694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 ANKRD53-201ENST00000272421 2185 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 NIPA2-202ENST00000359727 1531 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 ALDH1A3-203ENST00000557963 1670 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 FAHD1-203ENST00000427358 1974 ntAPPRIS P1 BASIC27.21■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 MIR939-201ENST00000401314 82 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 RASEF-201ENST00000340717 1765 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
RHBDL3P58872 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC27.2■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 TMEM202-AS1-202ENST00000565181 2325 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 EI24-204ENST00000527235 1625 ntTSL 5 BASIC27.19■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 RASGEF1B-208ENST00000510780 539 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 RASGEF1B-209ENST00000512343 498 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 SNRNP70-201ENST00000221448 1603 ntTSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 ADSSL1-202ENST00000332972 1969 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 ENKD1-206ENST00000602644 1353 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 NANOS2-201ENST00000341294 1657 ntAPPRIS P1 BASIC27.17■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 NKILA-201ENST00000613231 537 ntTSL 4 BASIC27.16■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC27.16■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC27.15■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC27.15■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
RHBDL3P58872 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66 ms