Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 AP001005.4-202ENST00000575325 560 ntTSL 4 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 AL138724.1-201ENST00000606771 1088 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 AC136469.2-201ENST00000623944 1028 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 C1QTNF5-203ENST00000530681 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 DUX4L2-201ENST00000561772 1275 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 DUX4-206ENST00000616166 1275 ntAPPRIS P2 BASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 DUX4L6-201ENST00000626483 1275 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 DUX4L1-201ENST00000627662 1275 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 GLRX3-201ENST00000331244 1302 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 HES6-201ENST00000272937 1454 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 MYCBPAP-202ENST00000419930 1640 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 TUNAR-203ENST00000554321 767 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.65■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24.64■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
COL4A4P53420 CENPVL3-201ENST00000417339 864 ntAPPRIS P1 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 ZNF219-201ENST00000360947 3071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 ZNF365-206ENST00000395255 1674 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 AC007009.1-201ENST00000458624 429 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 OSCAR-203ENST00000356532 1355 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 OSCAR-204ENST00000358375 1389 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 OSCAR-210ENST00000616447 1358 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 EIF6-203ENST00000374450 1289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 TSEN15-207ENST00000533373 618 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 DCUN1D2-208ENST00000478244 2045 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
COL4A4P53420 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.5 ms